В университете созданы и эффективно работают научные школы в области промышленного рыболовства, судостроения и судоремонта, автоматизации производства и управления, техники и технологии переработки сырья; более двенадцати научно-исследовательских лабораторий, четыре из которых – отраслевые. Основными задачами научной деятельности университета являются: информационная и материальная поддержка ученых и научных коллективов университета с целью получения грантов на научно-исследовательские работы; техническое перевооружение материальной базы приоритетных научных направлений фундаментальных и прикладных исследований, в частности, нанотехнологий, пищевой биотехнологии, энергосбережения и альтернативных источников энергии и других направлений, входящих в планы научных исследований факультетов КГТУ; активное участие в реализации Программы развития аквакультуры и прибрежного рыболовства в Калининградской области на 2005 – 2010 гг.; программы правительства Калининградской области в области энергосбережения; Национальной программы развития морской биотехнологии в России на 2007 – 2016 гг.; запуск в работу опытного бассейна на факультете кораблестроения и промышленного рыболовства; совершенствование и внедрение в учебный процесс тренажерных комплексов на кафедре СУиВТ; подготовка необходимого портфеля технических предложений для возможности инкубации в региональном инкубаторе и технопарке; изучение вопроса интеграции университета в российские и европейские сети трансфера технологий. За последние 5 лет – с 2004 г. по 2008 г. – вузом велась разработка 107 хоздоговорных НИР, объем средств, выделяемых на них составил 24171,3 тыс. руб. Хоздоговорные работы велись на основании договоров с ФГУП ВНИРО, Астраханским государственным техническим университетом, Рыбколхозом им.Матросова, ООО Газкомплектимпэкс, ООО ВАЕР, ФГУП АтлантНИРО, ФГУП Гипрорыбфлот, ООО Балтмортехника, Калининградский областной Союз рыболовецких колхозов и др. Получены гранты Российского фонда фундаментальных исследований, Российского гуманитарного научного фонда
